Cytoscape 是一个开源软件平台，用于可视化复杂网络并将这些网络与任何类型的属性数据进行整合。许多应用 (Apps) 可用于各类问题领域，包括生物信息学、社交网络分析和语义网。了解更多...

发行说明 示例可视化

Cytoscape 教程

应用开发文档

NRNB 与 Cytoscape

国家网络生物学资源中心 (NRNB) 简介

如何引用 Cytoscape

Cytoscape 项目需要您的支持！

在使用 Cytoscape 时，请引用最初的 Cytoscape 论文。这对维持我们的联邦资助至关重要。

Shannon P, Markiel A, Ozier O, Baliga NS, Wang JT, Ramage D, Amin N, Schwikowski B, Ideker T.

Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks

Genome Research 2003 Nov; 13(11):2498-504

[摘要] [PDF] [PubMed 条目]

对于 Cytoscape Web，请引用：

Ono K, Fong D, Gao C, Churas C, Pillich R, Lenkiewicz J, Pratt D, Pico AR, Hanspers K, Xin Y, Morris J, Kucera M, Franz M, Lopes C, Bader G, Ideker T, Chen J

Cytoscape Web: bringing network biology to the browser

Nucleic Acids Research, 2025;, gkaf365


[摘要] [PDF]

如需使用 CyREST 进行自动化操作和实现，或使用我们的 R 和 Python 库，请引用： Otasek, et al., Cytoscape Automation: empowering workflow-based network analysis Genome Biology, 20:185 (2019)
[摘要] [PDF] [PubMed 条目]

其他有关 Cytoscape 的文章和论文可在此处查阅。

如何捐赠给 Cytoscape

这是一笔向 501(c)(3) 非营利组织进行的免税捐款，
Cytoscape 联盟 (The Cytoscape Consortium)，税务 ID：20-4909879。



您可以用 Cytoscape 做什么？

生物学

Cytoscape 支持分子生物学、系统生物学、基因组学和蛋白质组学中的许多用例

Visual Mapping KEGG pathway data import

社会科学

社会科学家使用 Cytoscape 来：
  • 可视化和分析大型人际关系社交网络
  • 从表格和表单中组装社交网络
  • 通过各种 Web 服务 API 结合脚本语言从网络收集社交互动，并以标准数据文件格式保存。 Cytoscape 支持大多数标准文件格式 。
  • 使用应用计算网络统计数据
  • 与其他工具配合使用，例如带有 sna/ igraph 包的 R，或者 NetworkX，以进行更高级的分析

Twitter Visualization

通用复杂网络分析

Cytoscape 不受特定领域限制，因此是一个通用的强大复杂网络分析工具。 NetworkAnalyzer

应用开发

Cytoscape 具有可扩展性和灵活性。Cytoscape 拥有一个充满活力的应用开发者社区，以及由第三方开发的数百个应用。

精选视频演示

使用 Cytoscape 的出版物

在 PubMed Central 浏览引用 Cytoscape 的已发表图表。

Cytoscape 联盟

Cytoscape 项目由以下机构支持：

国家网络生物学资源中心 (National Resource for Network Biology)

国家人类基因组研究所 (National Human Genome Research Institute)