Cytoscape 游览

本教程对 Cytoscape 的功能进行了概括性介绍。各部分的详细操作指南可在每节链接的单独教程中找到。

下载并安装最新版的 Cytoscape。

本教程设计为在 CyBrowser 应用中作为演示运行，每个任务都带有交互式按钮。

Cytoscape 界面

Cytoscape 支持多种格式和多种来源的网络数据，包括许多公共交互和网络数据库。本教程使用来自 STRING 数据库的数据，代表与乳腺癌相关的基因（如下图所示）。

可以根据关联数据或网络属性对网络进行过滤并选择节点。STRING 数据库提供了许多可用于探索网络的节点和边属性。例如，我们可以使用“疾病评分 (disease score)”属性来选择排名前 2 的基因，然后选择这些基因的直接邻居，从而结合网络连通性和数据来指导发现过程。

下图显示了选定的前两个节点及其直接邻居。

在 Cytoscape 中，可以轻松地从选定的节点和边创建新网络。既然我们已经选择了最重要的基因及其邻居，我们就可以针对这一更集中的网络子集创建一个子网络。

创建网络后，我们可以应用布局算法来辅助可视化。Cytoscape 中的网络布局可以手动调整，但 Cytoscape 也支持多种自动布局算法。布局算法可在布局菜单中找到。

Cytoscape 允许用户以节点/边/网络数据列的形式添加节点、边和网络数据。这可以包括基因注释数据、蛋白质-蛋白质相互作用置信度评分以及转录组学数据。数据可在“表格面板 (Table Panel)”中查看。

我们将从 TCGA 乳腺癌数据集加载突变数据和表达数据，该数据集包含多种数据类型，包括基因组 DNA 拷贝数阵列、DNA 甲基化、外显子组测序、mRNA 阵列、微小 RNA 测序和反相蛋白质阵列。

Cytoscape 在网络可视化方面的一大优势是，它允许用户将任何表格数据（名称、类型、度数、权重、表达数据等）编码为网络的属性（如颜色、节点大小、透明度或字体类型）。这些编码或映射的表格数据集集合称为“样式 (Style)”。

Cytoscape 提供了多种保存结果和可视化效果的方法