Cytoscape 2.8.0 新功能

自定义图形

我们增加了将图像和其他自定义图形与节点关联的功能。图像可以通过我们的图像浏览器手动加载,也可以指定为属性中的 URL。程序员还可以使用 CyCustomGraphics 接口在插件内动态创建图像。为了将这些图像连接到节点,VizMapper 提供了可视化属性,允许将最多九个图像独立映射到节点上。用户可以控制图像相对于节点的大小和位置。

公式

多年来,我们收到许多用户请求,希望在属性浏览器中提供类似电子表格的功能,现在我们实现了!属性浏览器中的单元格现在接受 Excel 类函数的一个子集,这些函数可以动态计算作为属性的值。我们提供了一个公式编辑器,帮助用户了解可用的函数以及如何正确地为命令指定参数。公式的设计初衷并非用于繁重的数据分析,而是作为在 Cytoscape 内操作属性值的简单方法。

网络分析器 (Network Analyzer)

马克斯·普朗克信息学研究所的 Mario Albrecht 及其团队非常慷慨地将其“网络分析器”插件作为核心插件提供给 Cytoscape。这意味着 Cytoscape 现在开箱即用地拥有了一套完整的网络分析和绘图程序!

错误修复

我们在最新版本的 Cytoscape 中修复了许多错误。我们希望这些更改能让 Cytoscape 的用户体验更加愉快和一致。

Cytoscape 2.8.1 更新

错误修复

Cytoscape 2.8.2 更新

错误修复

此版本主要是错误修复版本。我们希望这些更改能让 Cytoscape 的用户体验更加愉快和一致。

改进了内存分配

我们改进了 Cytoscape 首次安装和启动时发生的内存检测和分配过程。该过程尝试根据您的硬件优化内存设置。新过程避免了 2.8.1 版本中出现的系统崩溃问题。

新的渐变编辑器

我们彻底修改了控制连续值到视觉样式(如节点大小和节点颜色)映射的用户界面,以提供更直观、更一致的控制。

优化了 CytoPanels 的表现

我们改进了 CytoPanels 的行为,以便当用户切换到每个插件时,系统会自动适配其首选的面板大小。所有面板都设置了全局最小尺寸,因此无论用户正在查看哪个面板,都可以手动调整大小。

错误控制台功能

如果您的 Cytoscape 会话出现异常,请转到“帮助” > “错误控制台”。您现在可以将控制台输出保存为单个 HTML 文件,并将其附加到您的服务台和讨论列表帖子中。