Cytoscape 3 中的新功能
更新的欢迎屏幕
为方便起见，Cytoscape 在启动时会显示欢迎屏幕，提供访问示例数据集和公共数据库的便捷途径。
边弯曲 (Edge Bend) 可视化属性
边弯曲现已成为标准的视觉属性。您可以将其用作视觉样式 (Visual Style) 的一部分。
边捆绑 (Edge Bundling)
您可以通过自动边捆绑功能来合并边。此功能对于高密度网络视图非常有用。
网络注释
您可以向网络视图的背景或前景添加注释和简单形状。
高级搜索功能
从本版本开始，EnhancedSearch 插件已成为核心功能的一部分。您可以使用 Lucene 语法搜索网络。
数据表浏览器中的“全部显示”功能
通过在数据表浏览器中选择全部显示 (Show All) 选项，您可以显示表中的所有网络对象。当您在表中选中关联行时，相应的节点和边也会被选中。
网络集合
Cytoscape 3 基于网络集合来管理网络。当您将网络加载到 Cytoscape 时，可以选择创建新的网络集或将其添加到现有的集合中。
用户手册
系统要求
Cytoscape 3 支持以下系统
Windows
- Windows XP 及更高版本。由于内存容量问题，建议使用 64 位版本。
- 建议使用 Windows 7 或更高版本的 64 位系统
- Oracle 提供的最新版 Java 6 或 7。OpenJDK 及其他实现版本未经测试
Mac
- Mac OS X 10.5 及更高版本
- 最新版 Apple Java 6 或 Oracle Java 7
- 需要最新版本的 Java。在安装 Cytoscape 3 之前，请安装所有系统/Java 更新。Cytoscape 无法在旧版本的 Apple Java 6 上启动。
Linux
- 已在 Ubuntu 11.x 和 12.x 上测试通过，但可能也适用于其他发行版
- 建议使用 Oracle 提供的最新版 JDK 6 或 7。未经 OpenJDK 测试。
- 建议在 64 位发行版上使用最新版的 Oracle JDK
已知问题
Java 版本
您可以在 Java 6 或 7 上运行 Cytoscape 3。但是，使用 OpenJDK 会遇到若干问题。请使用 Oracle JRE/JDK 或 Apple Java 虚拟机。
Windows XP 问题
对于内存大于 1GB 的 Windows XP 系统电脑，尝试启动 Cytoscape 可能会失败（如下图所示）。
要解决此问题，请运行 gen_vmoptions.bat 文件以校准 Cytoscape.vmoptions 文件中配置的内存分配，使其不超过 800MB。
Mac OS X Lion 和 Mountain Lion 上的安装问题
从 Mac OS X 10.7.5 开始，默认安全选项设置为仅允许来自 Apple App Store 的应用程序。如果您尝试在默认设置下安装 Cytoscape 3，将会看到以下警告消息。
要避免此问题，您需要更改系统的安全设置。在“系统偏好设置”中，您需要将允许从以下位置下载的应用程序选项更改为任何来源 (Anywhere)。
如何报告错误
您的错误报告对于提高 Cytoscape 3 未来版本的质量非常重要。如果您发现任何问题，请通过以下方式报告：
帮助 (Help) → 报告 Bug (Report a bug...)
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我们需要您的反馈来改进 Cytoscape 3！请将您的问题和意见发送至我们的 邮件列表。