Cytoscape 3.0.1 发行说明
Cytoscape 3.0.1 是 Cytoscape 3.x 系列的最新版本，修复了大量错误。这是 Cytoscape 3 的首个主流版本，推荐所有用户使用。此版本中没有重大的新功能，但如果您正在使用 3.0.0 版本，强烈建议进行升级。
了解更多关于 3.0 版本引入的新功能
用户手册
系统要求
Cytoscape 3 支持以下系统
Windows
- Windows XP 及更高版本。处理大型网络时，建议使用 64 位版本。
- 建议使用 Windows 7 或更高版本的 64 位系统
- Oracle 提供的最新版 Java 6 或 7。OpenJDK 及其他实现版本未经测试
Mac
- Mac OS X 10.5 及更高版本
- 最新版 Apple Java 6 或 Oracle Java 7
- 需要最新版本的 Java。在安装 Cytoscape 3 之前，请安装所有系统/Java 更新。Cytoscape 无法在旧版本的 Apple Java 6 上启动。
Linux
- 已在 Ubuntu 11.x 和 12.x 上测试通过，但可能也适用于其他发行版
- 建议使用 Oracle 提供的最新版 JDK 6 或 7。未经 OpenJDK 测试。
- 建议在 64 位发行版上使用最新版的 Oracle JDK
已知问题
Java 版本
您可以在 Java 6 或 7 上运行 Cytoscape 3。但是，使用 OpenJDK 会遇到若干问题。请使用 Oracle JRE/JDK 或 Apple Java 虚拟机。
代理设置
在 Linux 上，代理配置对话框中的字体会被裁剪，信息会被截断。
文件编码
在所有平台上，Cytoscape 会话文件现在均采用 UTF-8 编码，而非本地语言编码。这使得会话文件可以在不同区域设置的工作站之间通用。日本、韩国和中国的用户受到的影响最大——现有的 v3.0.0 或 v2.x 会话文件必须使用与平台相关的编辑器（大多数用户已在为此目的使用此类编辑器）转换为 UTF-8 编码。欧洲和美洲的用户如果使用了标准 ANSI 128 以外的字符，也会受到影响——他们可以使用与平台相关的编辑器（例如 Windows 记事本）将其转换为 UTF-8 编码。
与旧版本的冲突
在所有平台上，直接通过 ZIP 或 TAR 文件安装 Cytoscape 的用户应通过删除用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 文件夹来手动清除 Cytoscape 缓存。
国际化（PDF 导出）
对于日本、韩国和中国的用户，将网络渲染为 PDF 文件可能会导致 PDF 中标签信息的丢失。作为变通方法，用户可以生成任何类型的图像文件，并改用图像文件。
如何报告错误
您的错误报告对于提高 Cytoscape 3 未来版本的质量非常重要。如果您发现任何问题，请通过以下方式报告：
帮助 (Help) → 报告 Bug (Report a bug...)
需要帮助？
我们需要您的反馈来改进 Cytoscape 3！请将您的问题和意见发送至我们的 邮件列表。