Cytoscape 3.0.2 是 Cytoscape 3.x 系列的最新版本，修复了许多错误。这是 Cytoscape 3 的主流发行版本，推荐所有用户使用。

用户手册

Cytoscape 3 手册 HTML (Wiki) 版本

PDF 版本

系统要求

Cytoscape 3 支持以下系统

Windows

• Windows XP 及更高版本。处理大型网络时推荐使用 64 位版本
• 建议使用 Windows 7 或更高版本的 64 位系统
• Oracle 提供的最新版 Java 6 或 7。OpenJDK 及其他实现版本未经测试

Windows 8

虽然 Windows 8 是 64 位系统，但 Java.com 网站默认安装的是 32 位 JVM，理论上是为了让 JVM 与 Windows 8 的 Internet Explorer 浏览器（也是 32 位）保持一致。为获得 Cytoscape 的最佳运行效果，建议安装 64 位 JVM，可从此页面获取。

Mac

• Mac OS X 10.5 及更高版本
• 最新版 Apple Java 6 或 Oracle Java 7
• 需要最新版本的 Java。在安装 Cytoscape 3 之前，请安装所有系统/Java 更新。Cytoscape 无法在旧版本的 Apple Java 6 上启动。

Linux

对于 Linux，安装 Oracle JVM 的简便方法请参见此处。

• 已在 Ubuntu 11.x 和 12.x 上测试通过，但可能也适用于其他发行版
• 建议使用 Oracle 提供的最新版 JDK 6 或 7。未经 OpenJDK 测试。
• 建议在 64 位发行版上使用最新版的 Oracle JDK

已知问题

Java 版本

您可以在 Java 6 或 7 上运行 Cytoscape 3。但是，使用 OpenJDK 会遇到若干问题。请使用 Oracle JRE/JDK 或 Apple Java 虚拟机。

Ubuntu 与 Java 7

在 Ubuntu 13.04 上使用 Java 7 时，Cytoscape 3.x 存在已知的稳定性问题 —— 作为临时解决方案，请使用 Java 6 或较旧版本的 Ubuntu。

代理设置

在 Linux 上，代理配置对话框中的字体会被裁剪，信息会被截断。

文件编码

在所有平台上，现在的 Cytoscape 会话文件均采用 UTF-8 编码，而非本地语言编码。这使得会话文件可以在不同区域设置的工作站之间进行迁移。日本、韩国和中国的用户受到的影响最大——现有的 v3.0.0 或 v2.x 会话文件必须使用平台相关的编辑器（大多数用户已在使用此类编辑器）转换为 UTF-8 编码。欧洲和美洲的用户如果使用了标准 ANSI 128 以外的字符，也会受到影响——他们可以使用平台相关的编辑器（例如 Windows 上的记事本）将其转换为 UTF-8。

与旧版本的冲突

在所有平台上，直接通过 ZIP 或 TAR 文件安装 Cytoscape 的用户应通过删除用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 文件夹来手动清除 Cytoscape 缓存。

国际化（PDF 导出）

对于日本、韩国和中国的用户，将网络渲染为 PDF 文件可能会导致 PDF 中标签信息的丢失。作为变通方法，用户可以生成任何类型的图像文件，并改用图像文件。