Cytoscape 3.1.0 发行说明

全新的样式编辑器

Cytoscape 3.1.0 拥有全新的视觉样式编辑器。它更加直观，且易于使用。

全新的过滤器

新过滤器的速度比上一版本快得多。用户界面也进行了更新，可实时处理更复杂的查询。

导出为 JSON

Cytoscape 3.1.0 可以将网络、表格和视觉样式导出为与 cytoscape.js 兼容的 JSON 格式。这意味着您可以在 Web 浏览器中使用在 Cytoscape 中创建的网络可视化效果。（请在下方窗口中尝试。）

命令及其 REST API

基本的 Cytoscape 功能（如布局或导出文件）可以通过 Cytoscape 命令进行访问。您可以通过编写简单的命令文件来自动化工作流程。命令可通过 REST API 访问。

更新后的欢迎屏幕

全新的欢迎屏幕，提供了更多预设数据集。

更新后的远程数据库客户端

新的远程数据访问客户端（ PSICQUIC 客户端）速度更快、更稳定。它支持新的 MITAB 2.7 表格列。

系统要求

Cytoscape 3.1 支持以下系统

Windows

Windows XP 及更高版本（包括 Windows 7 和 8）。对于较大的网络，建议使用 64 位版本。
Oracle 提供的最新版 Java 6 或 7。未经对 OpenJDK 和其他实现进行测试。
请注意，java.com 网站默认安装 32 位 JVM（以匹配 Windows 的 32 位浏览器）。要下载 64 位 JVM，请使用此页面。

Mac

Mac OS X 10.5 及更高版本
最新版 Apple Java 6 或 Oracle Java 7
需要最新版本的 Java。在安装 Cytoscape 3 之前，请安装所有系统/Java 更新。Cytoscape 无法在旧版本的 Apple Java 6 上启动。

Linux

对于 Linux，安装 Oracle JVM 的简单方法描述于此处。

已在 CentOS 6、Fedora 19/20 和 Ubuntu 11.x/12.x/13.x 上经过测试，但也可能适用于其他发行版
对于 JDK6，推荐使用 Oracle 的最新版本。对于 JDK7，推荐使用 OpenJDK 的最新版本。（Oracle JDK7 在 Ubuntu 上存在已知的稳定性问题，但在其他发行版上可能正常工作。）

用户手册

已知问题

代理设置

在 Linux 上，代理配置对话框中的字体会被裁剪，信息会被截断。

文件编码

在所有平台上，自 v3.0.1 起记录的所有 Cytoscape 会话文件均采用 UTF-8 编码，而非本地语言编码。这使得会话文件可以在所有区域设置的工作站之间进行移植。日本、韩国和中国的用户受影响最大——现有的 v3.0.0 或 v2.x 会话文件必须使用平台相关的编辑器（大多数用户已为此目的在使用）转换为 UTF-8。如果欧洲和美洲的用户使用了标准 ANSI 128 之外的字符，他们也会受到影响——他们可以使用平台相关的编辑器（例如 Windows 上的记事本）将其转换为 UTF-8。

与旧版本的冲突

在所有平台上，直接通过 ZIP 或 TAR 文件安装 Cytoscape 的用户应通过删除用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 文件夹来手动清除 Cytoscape 缓存。

国际化（PDF 导出）

对于日本、韩国和中国的用户，将网络渲染为 PDF 文件可能会导致 PDF 中标签信息的丢失。作为变通方法，用户可以生成任何类型的图像文件，并改用图像文件。

即将弃用对 32 位操作系统和 Java 6 的支持

虽然 v3.1 同时支持 32 位操作系统和 Java 6，但我们计划在正在开发中的 Cytoscape v3.2 中移除对这些配置的支持，该版本预计将于 2014 年下半年发布。这符合当前的行业惯例，并使我们能够将资源集中在更高级的功能开发上。在 v3.2 发布后，我们将继续提供之前的 Cytoscape 版本，它们将继续支持 32 位操作系统和 Java 6。

隐私

最新隐私政策发布在此处。

加载多个网络后缺少列

将多个网络加载到同一个网络集合中时，务必在每个网络加载完成后再导入表。在网络加载过程中交叉导入表可能会导致某些表列对部分网络不可用。

欢迎界面上缺失的生物网络

从旧版本（如 3.0.2）升级的用户可能会发现，欢迎界面上仅显示了用户手册中提到的八个生物网络中的六个。要添加新增的两个网络，请关闭 Cytoscape，删除 CytoscapeConfiguration 目录中的 biogrid 目录，然后重新启动 Cytoscape。有关 CytoscapeConfiguration 目录的更多信息，请参阅用户手册中的“启动 Cytoscape”章节。

如何报告错误

您的错误报告对于提高 Cytoscape 3 未来版本的质量非常重要。如果您发现任何问题，请通过以下方式报告：

帮助 (Help) → 报告 Bug (Report a bug...)

或者，您可以直接通过导航栏上的报告 Bug (Report a bug) 链接进行报告。

需要帮助？

我们需要您的反馈来改进 Cytoscape 3！请将您的问题和意见发送至我们的邮件列表。

关于 3.1.0 版本