Cytoscape 3.1.1 发行说明

主要错误修复

Cytoscape 3.1.1 修复了以下主要问题。

如需查看已修复错误的完整列表，请访问我们的问题跟踪网站。更多详细信息请参阅《欢迎信》的最后一部分 Welcome Letter。

系统要求

重要提示：Cytoscape 3.1.1 与 Java 8 不兼容。请改用 Java 6 或 7。

Cytoscape 3.1.1 支持以下系统

Windows

Windows XP 及更高版本（包括 Windows 7 和 8）。对于大型网络，推荐使用 64 位版本。
Oracle 提供的最新版 Java 6 或 7。未对 OpenJDK 及其他实现版本进行测试。
请注意，java.com 网站默认安装 32 位 JVM（以匹配 Windows 的 32 位浏览器）。要下载 64 位 JVM，请使用此页面。

Mac

Mac OS X 10.7 及更高版本
最新版 Apple Java 6 或 Oracle Java 7
需要最新版本的 Java。在安装 Cytoscape 3 之前，请安装所有系统/Java 更新。Cytoscape 无法在旧版本的 Apple Java 6 上启动。

Linux

已在 CentOS 6、Fedora 19/20 和 Ubuntu 12.x/13.x/14.x 上进行测试，但也可能适用于其他发行版。
Oracle 提供的最新版 Java 6 或 7，或最新版 OpenJDK 7。未测试较早版本的 OpenJDK。
对于 Ubuntu，安装 Oracle JVM 的简单方法描述在此处。

用户手册

已知问题

国际化（PDF 导出）

对于日本、韩国和中国的用户，将网络渲染为 PDF 文件可能会导致 PDF 中标签信息的丢失。作为变通方法，用户可以生成任何类型的图像文件，并改用图像文件。

隐私

最新隐私政策发布在此处。

代理设置

在 Linux 上，代理配置对话框中的字体会被裁剪，信息会被截断。

与旧版本的冲突

在所有平台上，直接通过 ZIP 或 TAR 文件安装 Cytoscape 的用户应通过删除用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 文件夹来手动清除 Cytoscape 缓存。

关于停止支持 32 位操作系统和 Java 6 的说明

尽管 v3.1 同时支持 32 位操作系统和 Java 6，但我们计划在 Cytoscape v3.2 中移除对这些配置的支持。v3.2 正在开发中，预计将于 2014 年后三分之一时间发布。这符合目前的行业惯例，使我们能够将资源集中在更高级的功能开发上。v3.2 发布后，我们将继续提供以前的 Cytoscape 版本下载，它们将继续支持 32 位操作系统和 Java 6。

加载多个网络后边缘列丢失

将多个网络加载到同一个网络集合时，务必在每个网络加载完成后再导入边缘表。如果将边缘表导入与网络加载交错进行，可能会导致某些网络无法访问边缘列。节点列不受此问题影响。

即使安装了 Java 7，Mac 上仍使用 Java 6

在 Mac 平台上，即使安装了 Oracle Java 7，系统默认也会使用 Java 6（并在必要时自动安装）。要使用 Oracle Java 7，必须将 JAVA_HOME 环境变量设置为 Java 7 的安装路径。

若要在启动时自动执行此操作，请将以下行添加到主目录中的 .bashrc 文件中

export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home)

并将以下内容添加到主目录中的 .profile 文件中

if [ -f ~/.bashrc ]; then
  source ~/.bashrc
fi

请注意，这仅适用于使用 cytoscape.sh 脚本从命令行启动的 Cytoscape 实例——通过 GUI 启动时不支持 Java 7。此问题将在未来的版本中解决。

文件编码

在所有平台上，自 v3.0.1 起记录的所有 Cytoscape 会话文件均采用 UTF-8 编码，而非本地语言编码。这使得会话文件可以在所有区域设置的工作站之间进行移植。日本、韩国和中国的用户受影响最大——现有的 v3.0.0 或 v2.x 会话文件必须使用平台相关的编辑器（大多数用户已为此目的在使用）转换为 UTF-8。如果欧洲和美洲的用户使用了标准 ANSI 128 之外的字符，他们也会受到影响——他们可以使用平台相关的编辑器（例如 Windows 上的记事本）将其转换为 UTF-8。

欢迎界面上缺失的生物网络

从旧版本（如 3.0.2）升级的用户可能会发现，欢迎界面上仅显示了用户手册中提到的八个生物网络中的六个。要添加新增的两个网络，请关闭 Cytoscape，删除 CytoscapeConfiguration 目录中的 biogrid 目录，然后重新启动 Cytoscape。有关 CytoscapeConfiguration 目录的更多信息，请参阅用户手册中的“启动 Cytoscape”章节。

从命令行执行脚本

如果某个应用无法正常启动或未安装任何应用，使用 -S（或 —script）命令行选项执行 Cytoscape 命令脚本可能无法工作。如果您在全新安装的 Cytoscape 上遇到此问题，安装一个小应用（例如 Cy3PerformanceReporter）应该可以解决该问题。此外，-S/—script 不支持相对文件路径，也不支持包含反斜杠、空格或冒号的路径。作为替代方案，可以使用“工具-执行命令文件”（Tools-Execute Command File）菜单项来执行命令脚本。

如何报告错误

您的错误报告对于提高 Cytoscape 3 未来版本的质量非常重要。如果您发现任何问题，请通过以下方式报告：

帮助 (Help) → 报告 Bug (Report a bug...)

或者，您可以直接通过导航栏上的报告 Bug (Report a bug) 链接进行报告。

需要帮助？

我们需要您的反馈来改进 Cytoscape 3！请将您的问题和意见发送至我们的邮件列表。

关于 3.1.1 版本