Cytoscape 3.2.0 发行说明
Cytoscape 3.2.0 是 Cytoscape 3.x 系列的最新版本，包含新功能和错误修复。
网络加载过程经过优化，比 3.1.x 版本更快。
渲染引擎针对大型网络进行了专门优化。缩放/平移操作比之前的 3.x 系列更高效、更快捷。
网络合并功能现已实现并行化，对于大型网络而言速度提升显著。
启动过程经过优化，启动时间短于 3.1 版本。
Cytoscape 3.2 内置了图表编辑器。您可以使用节点表格数据作为图表的数据源，并将其渲染为高质量的矢量图形。它支持标准图表，包括：柱状图、箱线图、折线图、饼图、热图和圆环图。除图表外，还支持渐变效果。
它是视觉样式编辑器（Visual Style editor）的一部分，您可以将所有内容保存到会话文件中。
Cytoscape 可以将您的会话导出为基于 Cytoscape.js 的 Web 可视化界面。您可以将您的网络发布为完整的 Web 应用程序。此功能仅适用于 Mac 和 Linux 系统。对 Windows 的支持将在 3.2.1 版本中提供。
针对可调参数（Tunables）和命令（Commands）的 API 进行了清理，更加稳定（面向开发者）。
虽然 v3.2 继续支持 32 位操作系统，但不再支持 Java 6。我们计划尽可能长久地支持 32 位操作系统，但最终会停止支持。停止对 Java 6 的支持符合当前行业惯例，使我们能够将资源集中在更先进的功能开发上。
Cytoscape 3.2.0 可能可以在 Java 8 上运行，但其支持仍处于实验性阶段。我们建议在发布官方兼容 Java 8 的 Cytoscape 版本之前，继续使用 Java 7。
在 Cytoscape 3.2 中，表格标识符列默认不再被视为字符串（String），这在使用数字标识符时可能会导致类型不匹配错误。因此，若要将带有数字标识符的表格导入到使用字符串列（如“shared name”）作为标识符的网络中，您需要手动更改 ID 列的数据类型。为此，请在表格导入预览中右键单击列标题，并在导入前将选定类型更改为字符串。
对于日本、韩国和中国的用户，将网络渲染为 PDF 文件可能会导致 PDF 中标签信息的丢失。作为变通方法，用户可以生成任何类型的图像文件，并改用图像文件。
最新隐私政策发布在此处。
在 Linux 上，代理配置对话框中的字体会被裁剪，信息会被截断。
在所有平台上，直接通过 ZIP 或 TAR 文件安装 Cytoscape 的用户应通过删除用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 文件夹来手动清除 Cytoscape 缓存。
在所有平台上，自 v3.0.1 起记录的所有 Cytoscape 会话文件均采用 UTF-8 编码，而非本地语言编码。这使得会话文件可以在所有区域设置的工作站之间进行移植。日本、韩国和中国的用户受影响最大——现有的 v3.0.0 或 v2.x 会话文件必须使用平台相关的编辑器（大多数用户已为此目的在使用）转换为 UTF-8。如果欧洲和美洲的用户使用了标准 ANSI 128 之外的字符，他们也会受到影响——他们可以使用平台相关的编辑器（例如 Windows 上的记事本）将其转换为 UTF-8。
将多个网络加载到同一个网络集合中时，务必在每个网络加载完成后再导入表。在网络加载过程中交叉导入表可能会导致某些表列对部分网络不可用。
从旧版本（如 3.0.2）升级的用户可能会发现，欢迎界面上仅显示了用户手册中提到的八个生物网络中的六个。要添加新增的两个网络，请关闭 Cytoscape，删除 CytoscapeConfiguration 目录中的 biogrid 目录，然后重新启动 Cytoscape。有关 CytoscapeConfiguration 目录的更多信息，请参阅用户手册中的“启动 Cytoscape”章节。
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