Cytoscape 3.2.1 发布说明
Cytoscape 3.2.1 是 Cytoscape 3.2 的一个错误修复版本，正式支持 Java 8。以下是 3.2.0 版本中引入的新功能列表：
优化了网络加载过程，比 3.1.x 版本更快。
渲染引擎经过优化，尤其针对大型网络。缩放/平移操作比之前的 3.x 系列更高效、更快捷。
网络合并功能实现了并行化处理，在大规模网络中速度显著提升。
优化了启动流程，启动时间比 3.1 版本更短。
Cytoscape 3.2 内置了图表编辑器。您可以使用节点表格数据作为图表数据源，并将其渲染为高质量的矢量图形。它支持包括条形图、箱线图、折线图、饼图、热图和环形图在内的标准图表。除图表外，它还支持渐变效果。
它是视觉样式（Visual Style）编辑器的一部分，您可以将所有内容保存在会话文件中。
Cytoscape 可将您的会话导出为基于 Cytoscape.js 的 Web 可视化页面。您可以将网络发布为完整的 Web 应用程序。
针对开发者，清理并稳定了可调参数（Tunables）和命令（Commands）的 API。
虽然 v3.2 继续支持 32 位操作系统，但不再支持 Java 6。我们计划尽可能长久地支持 32 位操作系统，但最终将会停止此支持。停止对 Java 6 的支持符合当前的行业惯例，使我们能够将资源集中在更高级的功能开发上。
Cytoscape 3.2.1 已通过 Java 8 测试。为了获得最佳性能，我们建议使用最新版本的 Java 8。
在 Cytoscape 3.2 中，表格标识符列默认不再被视为字符串（String），这在使用数字标识符时可能会导致类型不匹配错误。因此，如果要将带有数字标识符的表格导入到使用字符串列（如“shared name”）作为标识符的网络中，则需要手动更改 ID 列的数据类型。具体操作为：在表格导入预览中右键单击列标题，在导入前将选定类型更改为“字符串”。
对于日本、韩国和中国的用户，将网络渲染为 PDF 文件可能会导致 PDF 中标签信息的丢失。作为变通方法，用户可以生成任何类型的图像文件，并改用图像文件。
最新隐私政策发布在此处。
在 Linux 上，代理配置对话框中的字体会被裁剪，信息会被截断。
在所有平台上，直接通过 ZIP 或 TAR 文件安装 Cytoscape 的用户应通过删除用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 文件夹来手动清除 Cytoscape 缓存。
在所有平台上，自 v3.0.1 起记录的所有 Cytoscape 会话文件均采用 UTF-8 编码，而非本地语言编码。这使得会话文件可以在所有区域设置的工作站之间进行移植。日本、韩国和中国的用户受影响最大——现有的 v3.0.0 或 v2.x 会话文件必须使用平台相关的编辑器（大多数用户已为此目的在使用）转换为 UTF-8。如果欧洲和美洲的用户使用了标准 ANSI 128 之外的字符，他们也会受到影响——他们可以使用平台相关的编辑器（例如 Windows 上的记事本）将其转换为 UTF-8。
将多个网络加载到同一个网络集合中时，务必在每个网络加载完成后再导入表。在网络加载过程中交叉导入表可能会导致某些表列对部分网络不可用。
从旧版本（如 3.0.2）升级的用户可能会发现，欢迎界面上仅显示了用户手册中提到的八个生物网络中的六个。要添加新增的两个网络，请关闭 Cytoscape，删除 CytoscapeConfiguration 目录中的 biogrid 目录，然后重新启动 Cytoscape。有关 CytoscapeConfiguration 目录的更多信息，请参阅用户手册中的“启动 Cytoscape”章节。
Fedora 21 默认安装的是 Headless（无 GUI）版本的 Java。作为一款 GUI 应用程序，Cytoscape 无法在此版本的 Java 下安装或运行。若要在 Fedora 21 上使用 Cytoscape，需要安装标准版本的 Java。OpenJDK JRE 可从 Fedora 软件包仓库获取——只需安装 java-1.8.0-openjdk.x86_64（针对 64 位）或 java-1.8.0-openjdk.i686（针对 32 位）软件包。Oracle 的 JRE 可通过 java.com 下载 RPM 格式安装，但这需要额外的配置。
在 Fedora 21 上，Cytoscape 的启动画面可能显示为空白。这是一个已知问题，不会影响 Cytoscape 应用程序的正常运行。
从 Cytoscape 3.2.1 开始，如果使用网络挂载的用户主目录，或从应用安装目录进行符号链接的应用配置，应用可能无法正常安装或更新。如需恢复至 Cytoscape 3.2 的行为，请在 Cytoscape 安装目录下的 framework/etc 文件夹中找到 org.apache.felix.fileinstall-deploy.cfg 文件（注意：不是 CytoscapeConfiguration 文件夹），并在其中添加以下行：
felix.fileinstall.disableNio2 = true
您的错误报告对于提高 Cytoscape 3 未来版本的质量非常重要。如果您发现任何问题，请通过以下方式报告：
帮助 (Help) → 报告 Bug (Report a bug...)
或者，您可以直接通过导航栏上的 报告 Bug (Report a bug) 链接进行报告。
我们需要您的反馈来改进 Cytoscape 3！请将您的问题和意见发送至我们的 邮件列表。