Cytoscape 3.3.0 发行说明

关于 3.3.0 版本

Cytoscape 3.3 是一个包含新功能和错误修复的 Cytoscape 桌面版本

更整洁的用户界面

Cytoscape 3.3 拥有更整洁、更直观的用户界面。其中包括：

改进了网络和表格文件导入器
工具栏的新图标
许多对话框在美观性和一致性方面的改进

改进的过滤器

过滤器现在可以基于相邻节点的属性进行选择，并可以编辑选择结果

改进的分组可视化

组可以可视化为复合节点

核心应用 (Core Apps)

部分 Cytoscape 核心功能现已作为独立的“核心应用”发布。这意味着您可以更频繁地获得这些功能的更新。

错误修复

此版本包含许多错误修复，解决了自 v3.2.1 以来的 193 个问题。

集成 RESTful API

cyREST 现在作为核心应用包含在核心发行版中。cyREST API 和命令现在可以通过同一个端口访问。

性能

更快的网络分析器 (Network Analyzer)

网络分析器经过优化，速度比以前的版本快 1000 倍。

基于 GPU 的布局

力导向布局算法通过 GPU 进行了优化，速度比基于 CPU 的布局快 100 倍。

系统要求

继续支持 32 位操作系统，弃用对 Java 6 和 7 的支持

虽然 v3.3 继续支持 32 位操作系统，但不再支持 Java 6 或 7。我们计划尽可能长地支持 32 位操作系统，但最终会停止支持。停止支持 Java 6 和 7 符合当前的行业实践，使我们能够将资源集中在更高级的功能开发上。

Windows

Windows XP 及更高版本（包括 Windows 7、8 和 10）。推荐使用 64 位版本。
最新版本的来自 Oracle 的 Java。OpenJDK 和其他实现未经测试。
请注意，java.com 网站默认安装 32 位 JVM（以匹配 Windows 的 32 位浏览器）。要下载 64 位 JVM，请使用此页面。

Mac

Mac OS X 10.9 (Mavericks) 及更高版本
最新版本的 Oracle Java

Linux

已在这些发行版上测试
需要最新版本的 Java（最低要求 Java 8 Update 72）。
对于 Ubuntu，安装 Oracle JVM 的简单方法描述在此处。

必须使用 Java 8

Cytoscape 3.3.0 需要 Java 8。您应该安装最新版本的 Java 8。

已知问题

Linux 上缺少滚动条

Java 8 Update 60（65/66 版本中也存在）中的一个错误导致 Linux 系统上并不总是显示滚动条。这在 OpenJDK 和 Oracle Java 发行版（包括 Ubuntu 15.10 及其他一些近期 Linux 发行版附带的 OpenJDK）中都会发生，通过安装 Oracle 的 Java 8 Update 72 或更高版本即可解决。

国际化（PDF 导出）

对于日本、韩国和中国的用户，将网络渲染为 PDF 文件可能会导致 PDF 中标签信息的丢失。作为变通方法，用户可以生成任何类型的图像文件，并改用图像文件。

隐私

最新隐私政策发布在此处。

代理设置

在 Linux 上，代理配置对话框中的字体会被裁剪，信息会被截断。

与旧版本的冲突

在所有平台上，直接通过 ZIP 或 TAR 文件安装 Cytoscape 的用户应通过删除用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 文件夹来手动清除 Cytoscape 缓存。

文件编码

在所有平台上，自 v3.0.1 起记录的所有 Cytoscape 会话文件均采用 UTF-8 编码，而非本地语言编码。这使得会话文件可以在所有区域设置的工作站之间进行移植。日本、韩国和中国的用户受影响最大——现有的 v3.0.0 或 v2.x 会话文件必须使用平台相关的编辑器（大多数用户已为此目的在使用）转换为 UTF-8。如果欧洲和美洲的用户使用了标准 ANSI 128 之外的字符，他们也会受到影响——他们可以使用平台相关的编辑器（例如 Windows 上的记事本）将其转换为 UTF-8。

加载多个网络后缺少列

将多个网络加载到同一个网络集合中时，务必在每个网络加载完成后再导入表。在网络加载过程中交叉导入表可能会导致某些表列对部分网络不可用。

在 Ubuntu 15.10 (64 位) 上安装

Cytoscape 安装程序无法在非 root 账户下使用默认的 OpenJDK JVM 运行。它在 Oracle Java 8 Update 71 或更高版本中可以正常工作，或者以 root 身份使用 OpenJDK 时也可以。或者，可以通过下载并解压在下载页面上的“其他平台”链接中找到的 GZIP 压缩包来安装 Cytoscape。

Fedora 21+: 无头 (Headless) Java

Fedora 21（或更高版本）默认安装无头（非 GUI）版本的 Java。作为一个 GUI 应用程序，Cytoscape 将无法安装或运行此版本的 Java。要在 Fedora 21（或更高版本）上使用 Cytoscape，需要安装标准版本的 Java。OpenJDK JRE 可从 Fedora 软件包存储库中获取 —— 只需安装 java-1.8.0-openjdk.x86_64（64 位）或 java-1.8.0-openjdk.i686（32 位）软件包。Oracle 的 JRE 可在 java.com 下载 RPM 格式，但这需要额外的配置。

Fedora 21+: 启动画面空白

在 Fedora 21（或更高版本）上，Cytoscape 的启动画面在启动时可能会显示为空白。这不会影响 Cytoscape 应用程序的操作，可以通过升级到 Fedora 23 并安装最新补丁来解决。

如何报告错误

您的错误报告对于提高 Cytoscape 3 未来版本的质量非常重要。如果您发现任何问题，请通过以下方式报告：

帮助 (Help) → 报告 Bug (Report a bug...)

或者，您可以直接通过导航栏上的报告 Bug (Report a bug) 链接进行报告。

需要帮助？

我们需要您的反馈来改进 Cytoscape 3！请将您的问题和意见发送至我们的邮件列表。