Cytoscape 3.6.0 发行说明

关于 3.6.0 版本

Cytoscape 3.6 是一个更新了用户界面和自动化功能的 Cytoscape 桌面版本。

Cytoscape 自动化

Cytoscape 操作的自动化促进了科学研究的可重复性，能够扩展至处理大量网络，并参与更大、更复杂的工作流程。在 3.6 版本中，Cytoscape 及其各类应用程序可以通过 Python、R 和 Cytoscape 命令行脚本作为服务进行调用。

yFiles 更新

3.6 版本包含了一套全新的 yFiles 布局，取代了旧且缓慢的版本。这些布局更加美观，且在执行路由时具有更高的精度。

网络搜索栏

从基于 Web 的数据库加载网络的用户界面已大幅简化。使用新的网络搜索栏，您可以直接在主 Cytoscape 网络面板中选择数据库并输入查询。提供此类访问的应用程序包括 PSICQUIC、NDEx、STRING、STITCH 和 Pathway Commons。

入门面板

当 Cytoscape 启动时，它会以一种美观的布局显示最近使用和示例网络，取代了旧版的欢迎对话框。Cytoscape 现在将保存的网络以缩略图形式呈现，以便更快、更轻松地访问。新的示例网络被打包为现代、立即可用且可直接加载的会话文件。

拖放支持

要从文件加载网络和数据表，只需将它们拖放到网络面板/表格浏览器中即可。

CyBrowser 集成

应用程序开发人员可以创建基于 HTML 的内容，使其显示在 Cytoscape 内部的浏览器窗口中，并能够访问 Cytoscape API 和事件。

扩散 (Diffusion)

这种热传播算法利用网络拓扑结构，根据种子集推导出一组相关的节点。随后可以导出子网络以供进一步研究。

Copycat 布局

利用一个网络中的节点位置来布局另一个网络中的节点，从而简化视觉上的网络对比。

无人值守安装

在需要通过脚本安装 Cytoscape 时，可以绕过 Cytoscape 安装程序的用户界面。

改进的选择性能

比以前的版本更快地选择大量节点。

系统要求

继续支持 32 位操作系统，弃用对 Java 6 和 7 的支持

虽然 v3.6 继续支持 32 位操作系统，但不再支持 Java 6 或 7。我们计划尽可能长久地支持 32 位操作系统，但最终会放弃此支持。停止支持 Java 6 和 7 符合当前行业惯例，并使我们能够将资源集中在更高级的功能开发上。

尚未支持 Java 9

我们希望在下一版本的 Cytoscape 中支持 Java 9，目前该工作正在进行中。请按照下文所述使用 Java 8。

Windows

Windows XP 及更高版本（包括 Windows 7、8 和 10）。推荐使用 64 位版本。
最新版本的 Oracle Java 8。尚未对 OpenJDK 及其他实现进行测试。
请注意，java.com 网站默认安装 32 位 JVM（以匹配 Windows 的 32 位浏览器）。要下载 64 位 JVM，请使用此页面。

Mac

Mac OS X 10.9 (Mavericks) 及更高版本
最新版本的 Oracle Java 8

Linux

已在这些发行版上测试
需要最新版本的 Java（最低要求 Java 8 Update 72）。
对于 Ubuntu，安装 Oracle JVM 的简单方法描述在此处。

必须使用 Java 8

Cytoscape 3.6.0 要求安装 Java 8。您应该安装最新版本的 Java 8。

已知问题

Linux 上缺少滚动条

Java 8 Update 60（65/66 版本中也存在）中的一个错误导致 Linux 系统上并不总是显示滚动条。这在 OpenJDK 和 Oracle Java 发行版（包括 Ubuntu 15.10 及其他一些近期 Linux 发行版附带的 OpenJDK）中都会发生，通过安装 Oracle 的 Java 8 Update 72 或更高版本即可解决。

国际化（PDF 导出）

对于日本、韩国和中国的用户，将网络渲染为 PDF 文件可能会导致 PDF 中标签信息的丢失。作为变通方法，用户可以生成任何类型的图像文件，并改用图像文件。

隐私

最新的隐私政策发布在此处。

代理设置

在 Linux 上，代理配置对话框中的字体会被裁剪，信息会被截断。

与旧版本的冲突

在所有平台上，直接通过 ZIP 或 TAR 文件安装 Cytoscape 的用户应通过删除用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 文件夹来手动清除 Cytoscape 缓存。

文件编码

在所有平台上，自 v3.0.1 起记录的所有 Cytoscape 会话文件均采用 UTF-8 编码，而非本地语言编码。这使得会话文件可以在所有区域设置的工作站之间进行移植。日本、韩国和中国的用户受影响最大——现有的 v3.0.0 或 v2.x 会话文件必须使用平台相关的编辑器（大多数用户已为此目的在使用）转换为 UTF-8。如果欧洲和美洲的用户使用了标准 ANSI 128 之外的字符，他们也会受到影响——他们可以使用平台相关的编辑器（例如 Windows 上的记事本）将其转换为 UTF-8。

加载多个网络后缺少列

将多个网络加载到同一个网络集合中时，务必在每个网络加载完成后再导入表。在网络加载过程中交叉导入表可能会导致某些表列对部分网络不可用。

在 Ubuntu 15.10 (64 位) 上安装

Cytoscape 安装程序无法在非 root 账户下使用默认的 OpenJDK JVM 运行。它在 Oracle Java 8 Update 71 或更高版本中可以正常工作，或者以 root 身份使用 OpenJDK 时也可以。或者，可以通过下载并解压在下载页面上的“其他平台”链接中找到的 GZIP 压缩包来安装 Cytoscape。

Fedora 21+: 无头 (Headless) Java

Fedora 21（或更高版本）默认安装无头（非 GUI）版本的 Java。作为一个 GUI 应用程序，Cytoscape 将无法安装或运行此版本的 Java。要在 Fedora 21（或更高版本）上使用 Cytoscape，需要安装标准版本的 Java。OpenJDK JRE 可从 Fedora 软件包存储库中获取 —— 只需安装 java-1.8.0-openjdk.x86_64（64 位）或 java-1.8.0-openjdk.i686（32 位）软件包。Oracle 的 JRE 可在 java.com 下载 RPM 格式，但这需要额外的配置。

Fedora 21+: 启动画面空白

在 Fedora 21（或更高版本）上，Cytoscape 的启动画面在启动时可能会显示为空白。这不会影响 Cytoscape 应用程序的操作，可以通过升级到 Fedora 23 并安装最新补丁来解决。

如何报告错误

您的错误报告对于提高 Cytoscape 3 未来版本的质量非常重要。如果您发现任何问题，请通过以下方式报告：

帮助 (Help) → 报告 Bug (Report a bug...)

或者，您可以直接通过导航栏上的报告 Bug (Report a bug) 链接进行报告。

需要帮助？

我们需要您的反馈来改进 Cytoscape 3！请将您的问题和意见发送至我们的邮件列表。