Cytoscape 3.6.1 发行说明
Cytoscape 3.6 是一个更新了用户界面和自动化功能的 Cytoscape 桌面版本
对于 Windows 和 Mac 用户，如果 Cytoscape 安装程序在您的工作站上找不到合适的 Java 虚拟机 (JVM)，它将为您下载并安装一个。对于 Linux 用户，Cytoscape 安装程序不会下载 JVM——Java 8（修订版 151 或更高版本）必须位于 PATH 环境变量中（优先于任何其他 JVM），或者通过 JAVA_HOME 环境变量引用。
自动化 Cytoscape 操作有助于实现可重复的科学研究，扩展到处理大量网络，并参与更大、更复杂的工作流程。在 3.6 版本中，Cytoscape 及各种应用程序可以作为服务被 Python、R 和 Cytoscape 命令脚本调用。
3.6 版本包含了一套全新的 yFiles 布局，取代了更旧、更慢的版本。这些布局更美观，且路由执行的精度更高。
现在可以直接将网络从 NDEx 数据库加载到 Cytoscape 中（使用网络搜索栏），并直接从 Cytoscape 中保存它们（使用标准菜单）。NDEx 使基于云的共享和协作变得简单。
从基于 Web 的数据库加载网络的用户界面已大幅简化。使用新的网络搜索栏，您可以直接在主 Cytoscape 网络面板中选择数据库并输入查询。提供此类访问的应用程序包括 PSICQUIC、NDEx、STRING、STITCH 和 Pathway Commons。
当 Cytoscape 启动时，它会以一种美观的布局显示最近使用的网络和示例网络，取代了旧的欢迎对话框。Cytoscape 现在将保存的网络显示为缩略图，以便更快、更轻松地访问。新的示例网络被打包为现代、立即可用且可直接加载的会话文件。
要从文件加载网络和数据表，只需将它们拖放到网络面板/表格浏览器中即可。
应用程序开发人员可以创建基于 HTML 的内容，使其显示在 Cytoscape 内部的浏览器窗口中，并能够访问 Cytoscape API 和事件。
这种热传播算法利用网络拓扑结构，根据种子集推导出一组相关的节点。随后可以导出子网络以供进一步研究。
利用一个网络中的节点位置来布局另一个网络中的节点，从而简化视觉上的网络对比。
当需要通过脚本安装 Cytoscape 时，可以跳过 Cytoscape 安装程序的用户界面。
比以前的版本更快地选择大量节点。
虽然 v3.6 继续支持 32 位操作系统，但不再支持 Java 6 或 7。我们计划尽可能长期支持 32 位操作系统，但最终将会停止此支持。
对于 Windows 和 Mac 用户，如果工作站上没有 Java 8，Cytoscape 安装程序会自动下载并安装它。对于 Linux 用户，请按如下所述使用 Java 8。
Java 8 Update 60（65/66 版本中也存在）中的一个错误导致 Linux 系统上并不总是显示滚动条。这在 OpenJDK 和 Oracle Java 发行版（包括 Ubuntu 15.10 及其他一些近期 Linux 发行版附带的 OpenJDK）中都会发生，通过安装 Oracle 的 Java 8 Update 72 或更高版本即可解决。
对于日本、韩国和中国的用户，将网络渲染为 PDF 文件可能会导致 PDF 中标签信息的丢失。作为变通方法，用户可以生成任何类型的图像文件，并改用图像文件。
最新的隐私政策发布在此处。
在 Linux 上，代理配置对话框中的字体会被裁剪，信息会被截断。
在所有平台上，直接通过 ZIP 或 TAR 文件安装 Cytoscape 的用户应通过删除用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 文件夹来手动清除 Cytoscape 缓存。
在所有平台上，自 v3.0.1 起记录的所有 Cytoscape 会话文件均采用 UTF-8 编码，而非本地语言编码。这使得会话文件可以在所有区域设置的工作站之间进行移植。日本、韩国和中国的用户受影响最大——现有的 v3.0.0 或 v2.x 会话文件必须使用平台相关的编辑器（大多数用户已为此目的在使用）转换为 UTF-8。如果欧洲和美洲的用户使用了标准 ANSI 128 之外的字符，他们也会受到影响——他们可以使用平台相关的编辑器（例如 Windows 上的记事本）将其转换为 UTF-8。
将多个网络加载到同一个网络集合中时，务必在每个网络加载完成后再导入表。在网络加载过程中交叉导入表可能会导致某些表列对部分网络不可用。
在非 root 账户下使用默认的 OpenJDK JVM 时，Cytoscape 安装程序无法运行。它在 Oracle Java 8 Update 151 或更高版本上运行正常，或者作为 root 用户使用 OpenJDK 时运行正常。此外，可以通过下载并解压在下载页面的“其他平台”链接中找到的 GZIP 压缩包来安装 Cytoscape。
Fedora 21（或更高版本）默认安装无头（非 GUI）版本的 Java。作为一个 GUI 应用程序，Cytoscape 将无法安装或运行此版本的 Java。要在 Fedora 21（或更高版本）上使用 Cytoscape，需要安装标准版本的 Java。OpenJDK JRE 可从 Fedora 软件包存储库中获取 —— 只需安装 java-1.8.0-openjdk.x86_64（64 位）或 java-1.8.0-openjdk.i686（32 位）软件包。Oracle 的 JRE 可在 java.com 下载 RPM 格式，但这需要额外的配置。
在 Fedora 21（或更高版本）上，Cytoscape 的启动画面在启动时可能会显示为空白。这不会影响 Cytoscape 应用程序的操作，可以通过升级到 Fedora 23 并安装最新补丁来解决。
您的错误报告对于提高 Cytoscape 3 未来版本的质量非常重要。如果您发现任何问题，请通过以下方式报告：
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