Cytoscape 3.7.0 发行说明

关于 3.7.0 版本

Cytoscape 3.7 是一个更新了用户界面和自动化功能的 Cytoscape 桌面版本

注释

可以在网络画布上添加形状、图像或文本形式的注释。将注释置于网络前方或后方，无需离开 Cytoscape 即可创建信息丰富的可视化效果！

BrewerColor 节点和边缘映射

从调色板选择器中选择预定义的调色板。这些调色板源自科学和制图应用中关于颜色选择的既定建议，例如 BrewerColors。

画布选择切换开关

针对节点、边缘和注释选择提供了全新且改进的切换开关，让您可以轻松控制堆叠的网络元素，而无需手动调整它们的位置。

自动安装 JVM

对于 Windows 和 Mac 用户，如果 Cytoscape 安装程序在您的工作站上找不到合适的 Java 虚拟机 (JVM)，它将为您下载并安装一个。对于 Linux 用户，Cytoscape 安装程序不会下载 JVM —— Java 8（修订版 151 或更高版本）必须存在于 PATH 中（优先于任何其他 JVM），或者由 JAVA_HOME 环境变量引用。

Cytoscape 自动化

自动化 Cytoscape 操作有助于促进科学研究的可重复性，实现大规模网络扩展，并参与更大、更复杂的工作流程。从 3.6 版本开始，Cytoscape 及其各种应用程序可以通过 Python、R 和 Cytoscape 命令脚本作为服务进行调用。

NDEx 集成

现在可以直接从 NDEx 数据库将网络加载到 Cytoscape 中（使用网络搜索栏），并直接从 Cytoscape 保存它们（使用标准菜单）。NDEx 使基于云的共享和协作变得简单。

网络搜索栏

从基于 Web 的数据库加载网络的用户界面已大幅简化。使用新的网络搜索栏，您可以直接在主 Cytoscape 网络面板中选择数据库并输入查询。提供此类访问的应用程序包括 PSICQUIC、NDEx、STRING、STITCH 和 Pathway Commons。

拖放支持

要从文件加载网络和数据表，只需将它们拖放到网络面板/表格浏览器中即可。

CyBrowser 集成

应用程序开发人员可以创建基于 HTML 的内容，使其显示在 Cytoscape 内部的浏览器窗口中，并能够访问 Cytoscape API 和事件。

扩散 (Diffusion)

这种热传播算法利用网络拓扑结构，根据种子集推导出一组相关的节点。随后可以导出子网络以供进一步研究。

Copycat 布局

利用一个网络中的节点位置来布局另一个网络中的节点，从而简化视觉上的网络对比。

动画工具提示

工具栏按钮具有说明性的工具提示 GIF，用于演示按钮的功能。

改进的选择性能

比以前的版本更快地选择大量节点。

系统要求

弃用 32 位操作系统支持，弃用 Java 6 和 7 支持

我们将不再对 32 位操作系统上的 Cytoscape 版本进行测试。

需要 Java 8 —— 自动安装

对于 Windows 和 Mac 用户，如果工作站上没有 Java 8，Cytoscape 安装程序会自动下载并安装它。对于 Linux 用户，请按如下所述使用 Java 8。

Windows

Windows XP 及更高版本（包括 Windows 7、8 和 10）。推荐使用 64 位版本。
如果您的工作站上没有可用的 Java 8，Cytoscape 安装程序会自动下载合适的 Java 8。您可以手动下载并安装最新版本的 Oracle Java 8。OpenJDK 和其他实现版本未经测试。

Mac

Mac OS X 10.11 (El Capitan) 及更高版本
如果您的工作站上没有可用的 Java 8，Cytoscape 安装程序会自动下载合适的 Java 8。您可以手动下载并安装最新版本的 Oracle Java 8。

Linux

已在这些发行版上进行测试。
需要最新版本的 Java（最低要求 Java 8 Update 151）。
对于 Ubuntu 用户，安装 Oracle JVM 的简单方法描述在此处。
Java 8 必须在 PATH 路径中（优先于任何其他 JVM），或者通过 JAVA_HOME 环境变量引用。

已知问题

Linux 上缺少滚动条

Java 8 Update 60（65/66 版本中也存在）中的一个错误导致 Linux 系统上并不总是显示滚动条。这在 OpenJDK 和 Oracle Java 发行版（包括 Ubuntu 15.10 及其他一些近期 Linux 发行版附带的 OpenJDK）中都会发生，通过安装 Oracle 的 Java 8 Update 72 或更高版本即可解决。

国际化（PDF 导出）

对于日本、韩国和中国的用户，将网络渲染为 PDF 文件可能会导致 PDF 中标签信息的丢失。作为变通方法，用户可以生成任何类型的图像文件，并改用图像文件。

隐私

最新的隐私政策发布在此处。

代理设置

在 Linux 上，代理配置对话框中的字体会被裁剪，信息会被截断。

与旧版本的冲突

在所有平台上，直接通过 ZIP 或 TAR 文件安装 Cytoscape 的用户应通过删除用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 文件夹来手动清除 Cytoscape 缓存。

文件编码

在所有平台上，自 v3.0.1 起记录的所有 Cytoscape 会话文件均采用 UTF-8 编码，而非本地语言编码。这使得会话文件可以在所有区域设置的工作站之间进行移植。日本、韩国和中国的用户受影响最大——现有的 v3.0.0 或 v2.x 会话文件必须使用平台相关的编辑器（大多数用户已为此目的在使用）转换为 UTF-8。如果欧洲和美洲的用户使用了标准 ANSI 128 之外的字符，他们也会受到影响——他们可以使用平台相关的编辑器（例如 Windows 上的记事本）将其转换为 UTF-8。

加载多个网络后缺少列

将多个网络加载到同一个网络集合中时，务必在每个网络加载完成后再导入表。在网络加载过程中交叉导入表可能会导致某些表列对部分网络不可用。

在 Ubuntu 15.10 (64 位) 上安装

Cytoscape 安装程序无法在非 root 账户下使用默认的 OpenJDK JVM 运行。它在 Oracle Java 8 Update 151 或更高版本上运行良好，或者以 root 身份使用 OpenJDK 时也可以运行。或者，也可以通过下载并解压在下载页面的“其他平台”链接中找到的 GZIP 压缩包来安装 Cytoscape。

Fedora 21+: 无头 (Headless) Java

Fedora 21（或更高版本）默认安装无头（非 GUI）版本的 Java。作为一个 GUI 应用程序，Cytoscape 将无法安装或运行此版本的 Java。要在 Fedora 21（或更高版本）上使用 Cytoscape，需要安装标准版本的 Java。OpenJDK JRE 可从 Fedora 软件包存储库中获取 —— 只需安装 java-1.8.0-openjdk.x86_64（64 位）或 java-1.8.0-openjdk.i686（32 位）软件包。Oracle 的 JRE 可在 java.com 下载 RPM 格式，但这需要额外的配置。

Fedora 21+: 启动画面空白

在 Fedora 21（或更高版本）上，Cytoscape 的启动画面在启动时可能会显示为空白。这不会影响 Cytoscape 应用程序的操作，可以通过升级到 Fedora 23 并安装最新补丁来解决。

如何报告错误

您的错误报告对于提高 Cytoscape 3 未来版本的质量非常重要。如果您发现任何问题，请通过以下方式报告：

帮助 (Help) → 报告 Bug (Report a bug...)

或者，您可以直接从导航栏上的报告错误 (Report a bug) 链接进行报告。

需要帮助？

我们需要您的反馈来改进 Cytoscape 3！请将您的问题和意见发送至我们的邮件列表。