Cytoscape 3.8.0 发行说明

新功能

系统要求

手册

已知问题

关于 3.8.0 版本

Cytoscape 3.8 是一个更新了用户界面和渲染引擎的 Cytoscape 桌面版本。

更快的渲染速度

渲染性能得到了提升和优化，更适合处理大型网络。Cytoscape 现在可以为多达 10,000 个节点和 3,000,000 条边的网络提供流畅的交互体验。

新的面板选项

借助全新的工作区面板系统，您的 Cytoscape 工作区现在可以根据可用屏幕空间进行自定义。面板现在可以最小化、设置为浮动或停靠在工作区中。

工具栏自定义

您现在可以选择工具栏中显示的项目，从而减少杂乱，并能快速访问您最常用的工具。

更新的分析器（Analyzer）应用

Network Analyzer 核心应用已重新设计。用户界面得到了改进，并添加了 Cytoscape 自动化（Automation）支持，以便于从脚本和分析工作流中调用。

标签重定位工具

现在可以在“网络视图”（Network View）内快速且直观地定位标签。

CyBrowser JavaFX 更新

CyBrowser（Cytoscape 内置的网页浏览器）已更新为使用 JavaFX 13。CyBrowser 现在与现代网页和应用程序具有更好的兼容性。

Java 11 支持

Cytoscape 兼容 Java 11，紧跟最新的 Java 支持标准。Cytoscape 捆绑了 AdoptOpenJDK JVM。

CyNDEx-2 更新

CyNDEx-2 已更新，增加了对 Swing UI 的支持，显著缩短了启动时间并提高了稳定性。

CX 支持更新

对 CX 数据交换格式的支持持续改进，促进了 Cytoscape 桌面版与其他生态系统组件之间可靠的网络数据传输。

系统要求

弃用 32 位操作系统支持，弃用 Java 6、7 和 8 支持

我们将不再在 32 位操作系统或低于 11 的 Java 版本上测试 Cytoscape 版本。

需要 Java 11 —— 自动安装

对于 Windows 和 Mac 用户，如果您的工作站尚未安装 Java 11，Cytoscape 安装程序会自动下载并安装它。对于 Linux，请按照下文所述使用 Java 11。

Windows

  • Windows XP 及更高版本（包括 Windows 7、8 和 10）。推荐使用 64 位版本。
  • 如果您的工作站上没有可用的 Java 11，Cytoscape 安装程序会自动下载一个合适的版本。您可以手动下载并安装最新版本的 OpenJDK 11。Oracle Java 及其他实现版本未经测试。

Mac

  • Mac OS X 10.11 (El Capitan) 及更高版本
  • 如果您的工作站上没有可用的 Java 11，Cytoscape 安装程序会自动下载一个合适的版本。您可以手动下载并安装最新版本的 OpenJDK 11。

Linux

  • 已在这些发行版上进行测试。
  • 需要最新版本的 Java（最低要求 Java 11.0.6）。
  • 对于 Ubuntu，安装 OpenJDK JVM 的简便方法请参考此处。
  • Java 11 必须位于 PATH 路径中（优先于任何其他 JVM），或者由 JAVA_HOME 环境变量引用。

用户手册

HTML 版本

PDF 版本

已知问题

国际化（PDF 导出）

对于日本、韩国和中国的用户，将网络渲染为 PDF 文件可能会导致 PDF 中标签信息的丢失。作为变通方法，用户可以生成任何类型的图像文件，并改用图像文件。

加载多个网络后缺少列

将多个网络加载到同一个网络集合中时，务必在每个网络加载完成后再导入表。在网络加载过程中交叉导入表可能会导致某些表列对部分网络不可用。

代理设置

在 Linux 上，代理配置对话框中的字体会被裁剪，信息会被截断。

与旧版本的冲突

在所有平台上，直接通过 ZIP 或 TAR 文件安装 Cytoscape 的用户应通过删除用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 文件夹来手动清除 Cytoscape 缓存。

隐私

最新的隐私政策发布在此处。

文件编码

在所有平台上，自 v3.0.1 起记录的所有 Cytoscape 会话文件均采用 UTF-8 编码，而非本地语言编码。这使得会话文件可以在所有区域设置的工作站之间进行移植。日本、韩国和中国的用户受影响最大——现有的 v3.0.0 或 v2.x 会话文件必须使用平台相关的编辑器（大多数用户已为此目的在使用）转换为 UTF-8。如果欧洲和美洲的用户使用了标准 ANSI 128 之外的字符，他们也会受到影响——他们可以使用平台相关的编辑器（例如 Windows 上的记事本）将其转换为 UTF-8。

如何报告错误

您的错误报告对于提高 Cytoscape 3 未来版本的质量非常重要。如果您发现任何问题，请通过以下方式报告：

帮助 (Help) → 报告 Bug (Report a bug...)

或者，您可以直接从导航栏上的 报告错误 (Report a bug) 链接进行报告。

需要帮助？

我们需要您的反馈来改进 Cytoscape 3！请将您的问题和意见发送至我们的 邮件列表。