关于 3.9.0 版本

网络渲染器

• 网络视图现已支持 4K 超高清和 Retina 显示器的原生分辨率。
• 新增了用于 haystack 边的视觉属性。Haystack 边被绘制为从源节点到目标节点的一条直线，沿节点中心呈随机角度放置。通过这种方式，许多平行的 haystack 边会形成紧密的束，尤其是在半透明状态下。这使得 haystack 边成为可视化具有大量平行边图表的有效方式。
• 新增了用于边 Z 轴顺序（z-order）的视觉属性。这可以控制边重叠的顺序。
• 改进了用于创建和编辑注释的 UI。用于编辑注释的对话框已被移除，并替换为“注释”（Annotations）面板中的一个选项卡。这使得注释的编辑更加方便，且不会遮挡网络视图。
• 新增了旋转节点标签和注释的功能。
• “适应内容”（Fit Content）操作（用于缩放并使网络适合窗口大小）现在将考虑节点标签。
• 网络视图现已支持 SVG 格式的节点和注释图像。
• 网络视图渲染速度得到提升。

表格

• 现在节点和边表格支持视觉样式。通过“样式面板”（Style Panel）中的新“表格”（Table）选项卡，可以设置节点和边表格中各列的样式值和样式映射。这包括自定义字体、颜色、行高和表格网格线的功能，还支持条形图和迷你图（sparklines）等图表。
• 节点和边表格改进了复制/粘贴支持。现在可以更轻松地从节点或边表格中选择一组单元格并复制/粘贴到外部应用程序中，无需再将表格导出为文件即可将数据插入 Excel 等应用程序。
• 公式构建器经过彻底重新设计。它现在支持带有语法高亮、内置文档的自由格式公式编辑，并在公式出现错误时提供即时反馈。

常规

• 样式面板中的样式选择弹出窗口经过改进，可以更轻松地基于名称搜索样式，并简化了样式的复制、重复和删除操作。
• 颜色选择器中现已全面提供调色板功能。
• 改进了热键映射。
• 过滤器现在可以用于选择或高亮显示节点和边。
• 网络视图 PDF 导出新增“自动页面大小”选项。这允许导出的 PDF 文档尺寸自动匹配网络视图的尺寸。

写给 Notebook 用户

• 新增了几个用于创建和编辑网络注释的命令。
• 支持基于 Python（通过 py4cytoscape）和 R（通过 RCy3）的 Cytoscape 工作流。
• “帮助”菜单现包含指向自动化教程的链接。
• 支持 Google Colab 和 GenePattern Notebooks。

写给应用程序开发者

• 所有新的表格样式视觉属性均可通过 API 使用。这包括通过 API 设置列的顺序、可见性和宽度的功能。
• 之前属于 2D 渲染器私有和内部使用的多个现有视觉属性，现在已成为公共 API。
• 新增了用于创建网络缩略图的 OSGi 服务 API。无需再为了生成简单的网络图像缩略图而创建 RenderingEngine。
• 新增可切换任务工厂（Togglable Task Factories），可用于创建启用时带有复选标记的菜单项。