Cytoscape 产品路线图

简介

Cytoscape 最初发布于 2002 年，经历了多次开发冲刺。最近的一次重大冲刺于 2014 年结束，发布了 Cytoscape v3 版本，该版本重构了主要内部数据模型，并极大地改善了对第三方插件应用程序的支持（通过 App Store、语义化版本控制规则、已发布的 API 以及通过 OSGi 进行的代码管理）。

自 v3 版本以来，我们专注于解决遗留 Bug 并升级了许多面向用户的特性，包括可视化样式 (VizMapper)、快速节点过滤、网络容量，以及整体速度和 UI 的一致性。Cytoscape 应用开发者社区已将许多 v2 插件升级为 v3 应用，并贡献了源源不断的新应用 (apps.cytoscape.org)。

截至 2023 年末，我们的努力得到了回报，Cytoscape 比以往任何时候都更受欢迎 —— 全球每月下载量达 20,000 次。

本页面介绍了我们未来交付和活动的路线图。欢迎在我们的社区页面和用户文档页面为讨论做出贡献。

Cytoscape 正同时在多个方向上推进

• Cytoscape 桌面版
• Cytoscape 向云端扩展
• Cytoscape 社区外联

本页面描述了 Cytoscape 桌面版路线图以及向更广泛的云生态系统迈进的进展。

愿景：Cytoscape 自动化

传统上，Cytoscape 依靠 Cytoscape 应用机制来定义和交付新颖的计算和工作流，Cytoscape 应用商店 (App Store) 已成功地收集并分发了这些应用。我们正在开发 Cytoscape 自动化功能，旨在使 Cytoscape 社区能够利用 Python/Jupyter、R/RStudio 和 GenomeSpace 等尖端工具，并借助其功能丰富的库和网络存在，以经济高效的方式创建新颖的工作流。

Cytoscape 自动化将允许用户创建完全在 Cytoscape 内部执行或由外部工具执行的工作流，且结果可重现。这将使 Cytoscape 能够扩展到大型数据集集合，并处理比仅通过键盘和鼠标操作更复杂的工作流。

Cytoscape 自动化将以两种形式存在：命令接口 (Commands interface) 和函数接口 (Functions interface)。两者都能达到相似的结果，但侧重点不同。命令接口将复现用户触发的交互（例如，打开会话、导入数据、导出图像），而函数接口将使程序员能够以内部 Cytoscape 数据操作和处理网络。命令和函数都将通过 REST 接口提供。

在 Cytoscape 自动化愿景下，所有新应用和许多现有应用都将被升级以响应 REST 调用。此外，大多数 Cytoscape 核心功能也将通过 REST 调用暴露。理想情况下，所有 Cytoscape 功能都将能够从外部工作流系统进行控制。

有关 Cytoscape 自动化的更多信息，请参阅 Cytoscape 自动化维基 (wiki)。

愿景：Cytoscape 核心与核心应用

在 v3.3 版本之前，我们将 Cytoscape 视为由 Cytoscape 核心 (Core) 加上 Cytoscape 应用组成的。从 v3.3 开始，我们开创了一个中间地带：Cytoscape 核心应用 (Core Apps)。核心是负责组织、显示、读取和写入网络的代码，但它与网络的意义或用途无关——核心不包含生物学相关的功能。Cytoscape 核心应用是可安装的模块，它们执行非核心功能，但对于大多数 Cytoscape 的使用（如网络生物学）仍然是必不可少的。

图 1：Cytoscape 桌面版

迄今为止，Cytoscape 的发布版本由“核心 + 核心应用”组成（图 1）。从 v3.3 开始，核心应用可以在应用商店中单独获取，尽管在安装 Cytoscape 时它们会与核心一起安装。然而，与以往的 Cytoscape 版本不同，核心应用无需发布整个 Cytoscape 即可升级。（例如，可以随时修复网络合并功能的 Bug 或添加新特性。）这使 Cytoscape 团队能够比过去更快地升级特定功能。

与核心应用密切相关的是应用商店中的“集合 (Collections)”概念，它们是适用于特定工作流的应用包。安装一个集合会导致安装该集合中的所有应用。我们会不时添加新集合或扩充现有集合。

随着 Cytoscape 使用场景的演变，我们期望在 Cytoscape 发布版中增加核心应用，从而打包在常见工作流中有用的高级功能。将应用升级为核心应用的标准最终由 Cytoscape 核心开发人员决定，但包括：

• 在应用商店中的可用性，以及对需求、正确的目标定位和其他反馈进行至少六个月的深入评估
• 经 Cytoscape 核心开发人员评估并达成一致
• 由多位开发人员切实可维护
• 极少（或没有）生物学领域特定的语义

其他附加标准包括：

• 其他应用或工作流对其的依赖程度
• 在推动用户行为以实现更高生产力方面的价值
• 对 Cytoscape 安装程序大小的增量影响
• 具体的维护计划（包括由核心开发人员进行维护的能力）
• 开源并在 Cytoscape GitHub 存储库中
• 预期感兴趣的用户群体规模
• 与现有替代方案相比的吸引力
• 可用性和稳定性评估
• 拥有高质量的文档和教程

愿景：关键工作流

Cytoscape 开发的首要任务是能够高效地执行新的和现有的关键工作流，包括：

• Cytoscape 主程序（核心网络分析）
• 功能富集分析 (Functional enrichment analysis)
• 蛋白质组学数据的网络分析
• 基因表达数据的通路分析

实现核心应用特性的功能被用于使用户能够快速、轻松地定制 Cytoscape 以实现各种工作流。通过使用一个集合（即代表多个应用的应用），用户可以安装执行功能富集工作流所需的所有应用。

愿景：主题与特性