常见问题

无法在 Mac OS 上安装

如果双击 Cytoscape 的 Mac 安装程序 (.dmg) 时无法启动(例如,出现无法识别开发者的问题),这可能是因为它是早期版本,或者正在等待 Apple 开发者签名。

解决方案:右键点击 .dmg 文件并选择“打开”。这样您就可以强制打开该安装程序。


无法在 Mac OS 上启动

最近的 Mac OS 更新导致基于 OpenCL 的 Cytoscape 应用在某些机器上无法运行。如果是这种情况,您可以通过以下方法禁用 OpenCL:

disable-opencl.dummy 文件下载到您的 CytoscapeConfiguration 目录中。您可以从 Mac 的“个人文件夹”(Home)浏览到此目录。下载完成后,您的文件夹应该看起来如下图所示。



或者,如果您习惯使用终端,可以使用以下命令创建此文件:touch ~/CytoscapeConfiguration/disable-opencl.dummy


故障排除

系统检查脚本

Cytoscape 是一个 Java 应用程序,需要一些第三方软件包才能正常运行。要测试您的系统,请先下载以下脚本。

其他平台的脚本
(点击右侧图标)

如何测试您的系统:Linux 和 Mac

打开终端

进入下载目录

这取决于您将上述脚本保存到了哪里。

使脚本可执行

您需要更改权限以使其可运行。对于 Linux,请将“mac.sh”更改为“linux.sh”。

测试您的系统

几秒钟后,它应该会显示测试结果。对于 Linux,请将“mac.sh”更改为“linux.sh”。

如何测试您的系统:Windows

打开保存“windows.bat”的目录

这通常是“下载”文件夹或桌面

双击“windows.bat”以测试您的系统

几秒钟后,它应该会显示测试结果。

如果您的系统通过了所有测试,就可以使用 Cytoscape 了。

仍有问题?

如何报告问题

如果检查程序显示您的机器已准备就绪,但仍无法运行 Cytoscape,这可能是个 Bug。请通过以下方式报告:

帮助 (Help) → 报告 Bug (Report a bug...)

或者,您可以直接通过导航栏上的 报告 Bug (Report a bug) 链接进行报告。

提问

如果您从系统检查脚本中收到了错误消息,且无法自行解决问题,请在 Bioinformatics StackExchange 上搜索带有 Cytoscape 标签的问题,或发布新问题。

Bioinformatics StackExchange 上的 Cytoscape

已知问题

此版本存在一些已知问题。请阅读发行说明以查看这些问题。

发行说明:已知问题

别忘了复制并粘贴系统检查脚本的输出!

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